Le Chapitre Général des Missionnaires d’Afrique de 1986 recommandaitau Supérieur Général « de proposer aux responsables concernés l’institution d’une année d’islamologie au Pontificio Instituto di Studi Arabi e d’Islamistica (PISAI) à Rome, orientée vers une perspective apostolique et pastorale. Cette année serait proposée à tous les membres de l’Eglise qui œuvrent auprès de Musulmans et qui désirent une formation de base. » (Actes Capitulaires 1986 n° 106). C’est ainsi qu’avait été ouverte au PISAI en l’année académique 1989-90 la « Section Islam et Réflexion Chrétienne » (SIRC). Quelques années plus tard, le Conseil Général décida de l’ouverture, en Afrique, de deux instituts pastoraux : un en Afrique francophone (à Bamako) et un en Afrique anglophone (à Nairobi) qui proposeraient un enseignement adapté au contexte musulman africain. L’IFIC émane donc de la SIRC que le PISAI offrait aux agents pastoraux qui vivaient en contexte musulman.

En 2007 le père Josef STAMER fonda l’IFIC à Bamako. Il lui a donné l’âme et la forme avec l’aide de ses anciens étudiants du PISAI.  En 2018, l’IFIC a signé un partenariat avec le PISAI qui, désormais, octroie un diplôme d’études pastorales, spécialisation en Islamologie et en relations islamo-chrétiennes. Le corps enseignant de l’IFIC est constitué de religieuses et religieux de diverses congrégations et nationalités, quasiment tous formés au PISAI.